更新日:2022年11月22日

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新型コロナウイルス検査状況

 富山県における新型コロナウイルスオミクロン株亜系統の流入状況(ゲノム解析検査)

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2021年12月以前のゲノム解析結果はこちら(PDF:171KB)

 

  • 富山県衛生研究所では新型コロナウイルスの遺伝子配列を解読して、県内である時期において、どのような株がどれくらいの割合を占めているかを次世代シーケンサー(NGS)を用いてゲノム解析を行なっています。

  • 2022年1月からは現在も大流行が見られているオミクロン株が県内にも流入して第6波となり、1月下旬からはほぼ100%オミクロン株に置き換わっています。

  • オミクロン株では、亜系統による細かな分類がされています。2月下旬頃にはBA.1系統が流行の主流でしたが、5月上旬にはBA.2系統に、8月中旬にはBA.5系統に置き換わっています。

  • 2022年7月1日時点で、オミクロン株の「懸念される変異株(VOC)における監視下の系統(VOC-LUM; Variants of Concern linages under monitoring)」として、BA.4、BA.5、 BA.2.12.1、BA.2.9.1、BA.2.11、BA2.13がリストアップされており(詳細については、国立感染症研究所HP内 https://www.niid.go.jp/niid/ja/2019-ncov/2551-cepr/11257-covid19-18.html をご参照ください) 、富山県内では、BA.2.12.1、BA.4およびBA.5の流入が確認されています。

  • 衛生研究所では、引き続きゲノム解析による変異株の確定、新たな変異株の流入の可能性、流入経路の特定などに関しても、モニタリングを行なっていく予定です。

 新型コロナウイルスオミクロン株対応検査体制 

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 富山県における新型コロナウイルスPCR検査と抗原検査の割合

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  • 県HPで報告している数を基にした富山県全体の新型コロナウイルス PCR検査および抗原検査の数と割合をグラフ化したものです。
  • 2022年に入り、オミクロン株の出現以降、感染者数も激増し、PCR検査数も増加しています。対象検体数が少ない時には抗原検査も併用しておりましたが、多検体を検査する場合にはPCR検査が主流となります。

 富山県における新型コロナウイルス検査の陽性率

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  • このグラフは富山県が公表している新型コロナウイルス検査件数(PCR検査および抗原検査)を基に作成しています。
  • 富山県では2022年1月上旬からオミクロン株の流入が認められ、第6波となりオミクロン株の新規陽性者数が増大しております。
  • 第6波での検査陽性率(陽性率:35-45%)は第5波まで(10-20%)と比べて明らかに高くなりました。今後の感染状況には、これまで同様の注意、警戒が必要であると思われます。

 富山県衛生研究所における新型コロナウイルスPCR検査の割合

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  • 2021年の富山県全体のPCR検査において、衛生研究所が担った検査の割合は、おおよそ10~20%になります。これは通常検査(新型コロナウイルス陽性か陰性か)のみの数であって、変異検査はほぼ全て富山県衛生研究所で行なっております。
  • 2020年はほぼ富山県衛生研究所で行なっていた通常検査を、2021年からは、県内医療機関、厚生センター・保健所、民間検査会社、など多くの施設でも行なってもらえるようになり、富山県衛生研究所がPCR検査を担う負担も少なくなっております。

富山県衛生研究所における新型コロナウイルス変異検出率の内訳(ins214EPE変異スクリーニング検査)

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  • 富山県では1月上旬からオミクロン株の流入が見られ、2月上旬には全てオミクロン株に入れ替わり、4月上旬現在、引き続きオミクロン株の感染が続いています。
  • 富山県衛生研究所では2022年3月下旬からオミクロン株変異ウイルス亜種のスクリーニングPCR検査を行なっております。ins214EPE変異スクリーニング検査は、スパイクタンパク質の214番目にグルタミン酸(E)、プロリン(P)、グルタミン酸(E)の3つのアミノ酸が付加されたものを検出できるPCRで、BA.1系統は変異あり(グラフ赤色部分)、BA.2やBA.3系統、XEと言われている亜種は変異なし(グラフ青色部分)として判定できます。
  • 3月最終週からの検査では、BA.2系統疑い株が増加してきており、5月下旬現在ほぼ100%を占めています。なお、BA.2疑い株については、ゲノム解析検査を実施し、BA.2系統株として確定しておりますが、5月2日から5月29日までに採取された39検体のBA.2系統疑い株は全てBA.2系統株でした。
  • オミクロン株亜種に対する変異スクリーニング検査による監視は、ゲノム解析検査と併せて引き続き行なっていく予定です。

 

過去の変異スクリーニング検査の変異検出率の内訳

L452R変異検査(2021年6月7日〜2022年1月9日) (PDF:371KB)(別ウィンドウで開きます)

N501Y変異検査(2021年2月2日〜2021年6月6日)(PDF:349KB)(別ウィンドウで開きます)

 

 

お問い合わせ

所属課室:厚生部衛生研究所ウイルス部

電話番号:0766-56-8143

ファックス番号:0766-56-7326

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