富山県衛生研究所では新型コロナウイルスの遺伝子配列を次世代シーケンサー（NGS）を用いて解読し、県内で現在、どのような株がどれくらいの割合を占めているかを調査しています。
2022年1月から県内でもオミクロン株に置き換わり、現在もその亜系統株による感染継続が見られています。
2024年初頭から流入が見られているJN.1は、BA.2.86のスパイク部分の455番目のアミノ酸がL（ロイシン）からS（セリン）に変化することにより、高い免疫回避能力を獲得しているとの報告（Yang et al., Lancet Infect Dis. 2023）があります。また、JN.1は先祖株であるBA.2.86やEG.5より基本再生産数が高く、より高い伝播力を有するとされています（Kaku et al., Lancet Infect Dis. 2023)。米国CDCによれば、以前のXBB系統と比べ、JN.1による感染者の重症度は高まっていません。
2024年5月からは県内で、JN.1の派生株である、KP系統(KP.2株, KP.3株)が見られるようになってきました。米国ではKP.2株の拡がりが顕著になりつつあります。KP.2株は既存の流行株より高い伝播力を示します。また、XBB.1.5株対応ワクチンで誘導された免疫血清に対し、JN.1株より高い中和抵抗性を示します（Kaku et al., Lancet Infect Dis. May 20, 2024）. 現在、県内ではKP系統とオミクロン株の組換え体であるXDQ系統と混在している状況で、今後の動向が注目されます。
オミクロン株の亜系統による細かな分類および世界の流行状況については、東京都健康安全研究センターHPをご参照ください。（https://www.tmiph.metro.tokyo.lg.jp/lb_virus/worldmutation/（外部サイトへリンク））
国内の流行状況（サーベイランス速報・週報）については、国立感染症研究所HPをご参照ください。（https://www.niid.go.jp/niid/ja/2019-ncov/2484-idsc/12015-covid19-surveillance-report.html（外部サイトへリンク））
衛生研究所では、引き続きゲノム解析による変異株の確定、新たな変異株の流入の可能性、流入経路の特定などに関しても、モニタリングを行なっていく予定です。

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