新型コロナウイルスゲノム解析検査状況

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富山県における新型コロナウイルスオミクロン株亜系統の流入状況（ゲノム解析検査）

• 富山県衛生研究所では新型コロナウイルスの遺伝子配列を次世代シーケンサー（NGS）を用いて解読し、県内で現在、どのような株がどれくらいの割合を占めているかを調査しています。
• 2022年1月から県内でもオミクロン株に置き換わり、現在もその亜系統株（次ページ参照）による感染継続が見られています。
• 2024年2月中旬時点で、全国的にはXBB.1.9系統由来のEG.5（HK.3も含む）と、XBB系統とは別のBA.2系統から派生したBA.2.86系統（JN.1を含む）ウイルスの2系統が主流となっており、JN.1がやや多い割合となっている状況です。富山県でも同様の傾向が確認されております。
• JN.1は、現在、世界的にも急激に検出数が増加している系統で、BA.2.86のスパイク部分の455番目のアミノ酸がL（ロイシン）からS（セリン）に変化することにより、高い免疫回避能力を獲得しているとの報告（Yang et al., Lancet Infect Dis. 2023）があります。また、JN.1は先祖株であるBA.2.86やEG.5より基本再生産数が高く、より高い伝播力を有するとされています（Kaku et al., Lancet Infect Dis. 2023)。しかしながら、JN.1が他の亜系統と比較して、重症化のリスクが高いという証拠はありません。JN.1の今後の動向が注目されます。
• オミクロン株の亜系統による細かな分類および世界の流行状況については、東京都健康安全研究センターHPをご参照ください。（https://www.tmiph.metro.tokyo.lg.jp/lb_virus/worldmutation/（外部サイトへリンク））
• 国内の流行状況（サーベイランス速報・週報）については、国立感染症研究所HPをご参照ください。（https://www.niid.go.jp/niid/ja/2019-ncov/2484-idsc/12015-covid19-surveillance-report.html（外部サイトへリンク））
• 衛生研究所では、引き続きゲノム解析による変異株の確定、新たな変異株の流入の可能性、流入経路の特定などに関しても、モニタリングを行なっていく予定です。